Podatki
Połączenie spółek co do zasady jest zdarzeniem neutralnym podatkowo.
Wynika to przede wszystkim z faktu, że zasada sukcesji uniwersalnej działa również na gruncie podatków. Oznacza ona, że spółka przejmująca albo spółka nowo zawiązana wstępują we wszystkie prawa i obowiązki podatkowe każdej z łączących się spółek.
Na gruncie podatku od towarów i usług brak jest obowiązku zapłaty VAT od majątku przeniesionego w toku połączenia na inne spółki. Połączenie spółek nie jest bowiem czynnością, która wypełnia definicję czynności podlegającej opodatkowaniu tym podatkiem. Zasada sukcesji dodatkowo pozwala uniknąć obowiązku korekty VAT, a także umożliwia odliczenie VAT od faktur wystawionych na przejęte spółki.
Neutralność podatkowa doznaje pewnych wyjątków na gruncie podatków dochodowych (PIT, CIT).
Po pierwsze, z uwagi na pewne odmienności między przepisami dotyczącymi PIT i CIT, przejęcie określonych uprawnień podatkowych jest wykluczone. Wynika to także z tego, że w przypadku spółek osobowych podatnikami są nie same spółki, a ich wspólnicy. Przykładowo – spółka kapitałowa powstała z połączenia dwóch spółek jawnych nie może przejąć uprawnienia ich wspólników do rozliczania się w formie ryczałtu od przychodów ewidencjonowanych.
Po drugie, połączenie nie pozwala na uwzględnienie straty podatkowej wygenerowanej w działalności spółki przejmowanej albo spółek łączących się przez zawiązanie nowej spółki. Ograniczenie to dotyczy zarówno spółek osobowych, jak i spółek kapitałowych.
Po trzecie wreszcie, neutralność podatkowa połączenia wyłączona jest na gruncie podatku dochodowego od osób prawnych (CIT), jeżeli połączenie nie jest przeprowadzane z uzasadnionych przyczyn ekonomicznych, lecz głównym bądź jednym z głównych celów takiej operacji jest uniknięcie lub uchylenie się od opodatkowania (jest to tzw. klauzula antyabuzywna). W przypadku stwierdzenia takiej sytuacji, opodatkowaniu podlegają spółka przejmująca (spółka nowo zawiązana) oraz będący podatnikami CIT wspólnicy lub akcjonariusze spółki przejętej (spółek łączących się poprzez zawiązanie nowej spółki).
Połączenie jest również generalnie neutralne w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych. W odniesieniu do połączenia spółek kapitałowych przewidziane jest wyraźne wyłączenie opodatkowania. W pozostałych przypadkach jest on natomiast należny jedynie wówczas, gdy kapitał zakładowy spółki przejmującej (spółki nowo zawiązanej) jest podnoszony o wartość, która uprzednio nie była opodatkowana tym podatkiem w spółkach przejmowanych (łączących się przez zawiązanie nowej spółki). Stawka tego podatku wynosi w tym przypadku 0,5%.